Classification des virus
La classification des virus ne peut être intégrée à celle réalisée pour les êtres vivants du fait que les virus ne sont pas reconnus comme vivants, car ne pouvant se reproduire par leurs propres moyens.
La classification des virus ne peut être intégrée à celle réalisée pour les êtres vivants du fait que les virus ne sont pas reconnus comme vivants, car ne pouvant se reproduire par leurs propres moyens. C'est ainsi qu'il a été indispensable de mettre au point une classification spécifique.
Il en existe deux qui font autorité :
- la classification Baltimore, proposée par David Baltimore, lauréat du prix Nobel de médecine en 1975, qui est basée sur le type d'acide nucléique des virus (ADN ou ARN) et son mode d'expression
- la classification de l'Mondial Committee on Taxonomy of Viruses (ICTV), qui utilise une méthode assez comparable à celle existant pour les êtres vivants où les virus sont rangés par ordre, famille, sous-famille, genre et espèce.
Ces deux méthodes de classifications ne sont pas antagonistes et peuvent particulièrement s'intégrer l'une à l'autre, car la classification de l'ICTV reprend certains critères de la classification Baltimore.
Aucune des classifications n'est censée être phylogénétique, car les virus ne partagent pas d'origine commune.
Généralités
Les formes variées des virus résultent du fait que l'un des deux brins d'ADN dans lesquels l'ensemble des formes de vie cellulaire conservent leur information génétique est redondant, et que donc les virus peuvent avoir des génomes à simple ou double brin. De plus, le génome de certains virus est constitué d'ARN plutôt que d'ADN. L'ARN est présent dans les cellules comme intermédiaire quand les gènes sont traduits en protéines. Le génome des virus à ARN peut être codé dans deux directions différentes : soit les gènes sont stockés dans la direction 5'→3' (polarité positive ou +), comme celle dans laquelle les gènes sont codés dans l'ARN messager des cellules, soit ils sont stockés dans la direction opposée (polarité négative ou -).
La taxinomie des virus est comparable à celle des organismes cellulaires :
- Ordre (-virales)
- Famille (-viridæ)
- Sous-Famille (-virinæ)
- Famille (-viridæ)
Cependant, le code de nomenclature géré par le Comité Mondial sur la Taxinomie des Virus diffère des autres sur plusieurs aspects. Pour la majeure partie, les noms des ordres et des familles sont mis en italiques et les noms des espèces ne suivent pas la nomenclature binomiale mais sont fréquemment de la forme [Virus] de la [maladie]. La définition des ordres est particulièrement récente et a été délibérément lente ; à ce jour, seuls trois ont été appelés et la majorité des familles ne sont pas classées. À peu près 80 familles et 4000 espèces de virus sont aujourd'hui connues.
Classification par type de génome
Virus à ADN
Groupe I - Virus à ADN à double brin
- Ordre des Caudovirales (bactériophages à queue).
- Non attribué
- Famille des Ascoviridæ
- Famille des Adenoviridæ - exemples kératites, angines ou diarrhées
- Famille des Asfiviridæ
- Famille des Baculoviridæ
- Famille des Corticoviridæ
- Famille des Fuselloviridæ
- Famille des Guttaviridæ
- Famille des hépadnaviridæ - exemples les virus humains de l'hépatite B ou VHB
- Famille des Herpesviridæ - exemples les virus humains de l'herpès ou le VZV (virus varicelle-zona)
- Famille des Iridoviridæ
- Famille des Lipothrixviridæ
- Famille des Nimaviridæ
- Famille des Papovaviridæ - exemples Papillomavirus ou Polyomavirus (virus simien 40)
- Famille des Phycodnaviridæ
- Famille des Plasmaviridæ
- Famille des Poxviridæ - exemples virus de la vaccine, virus de la variole
- Famille des Rudiviridæ
- Famille des Tectiviridæ
- Genres non classés
- Mimivirus - exemple Acanthamœba polyphaga mimivirus
Groupe II - Virus à ADN à simple brin
- bactériophages non classés
- Famille des Inoviridæ
- Famille des Microviridæ
- Virus non classés
- Famille des Geminiviridæ
- Famille des Circoviridæ
- Famille des Nanoviridæ
- Famille des Parvoviridæ - exemples virus de Norwalk ou Parvovirus B19 (qui dépend d'une co-infection à adénovirus pour la croissance)
- Genres non classés
- Anellovirus - exemple Torque teno virus
Virus à ARN
Groupe III - Virus à ARN à double brin
-
- Famille des Birnaviridæ
- Famille des Chrysoviridæ
- Famille des Cystoviridæ
- Famille des Hypoviridæ
- Famille des Partitiviridæ
- Famille des Reoviridæ - exemples Rotavirus ou Orthoreovirus
- Famille des Totiviridæ
- Genres non classés
- Endornavirus - exemple Vicia faba endornavirus
Groupe IV - Virus à ARN simple brin à polarité positive (Virus (+) ssARN ou de type ARN messager)
- Ordre des Nidovirales (Virus "nidifiés")
- Famille des Arteriviridæ
- Famille des Coronaviridæ - exemple Coronavirus
- Famille des Roniviridæ
- Non attribué
- Famille des Astroviridæ
- Famille des Barnaviridæ
- Famille des Bromoviridæ
- Famille des Caliciviridæ - exemple virus de Norwalk
- Famille des Closteroviridæ
- Famille des Comoviridæ
- Famille des Dicistroviridæ
- Famille des Flaviviridæ - exemples virus de la fièvre jaune, virus du Nil occidental, virus de l'hépatite C, virus de la dengue
- Famille des Flexiviridæ
- Famille des Hepeviridæ - exemple virus de l'hépatite E
- Famille des Leviviridæ
- Famille des Luteoviridæ
- Famille des Marnaviridæ
- Famille des Narnaviridæ - virus à ARN nus
- Famille des Nodaviridæ
- Famille des Picornaviridæ - exemples virus de la Poliomyélite, Rhinovirus, virus de l'hépatite A, Coxsackie A virus et Coxsackie B virus
- Famille des Potyviridæ
- Famille des Sequiviridæ
- Famille des Tetraviridæ
- Famille des Togaviridæ - exemple Rubivirus (virus de la rubéole)
- Famille des Tombusviridæ
- Famille des Tymoviridæ
- Genres non classés
- Genre Benyvirus - exemple Beet necrotic yellow vein virus
- Genre Cheravirus - exemple Cherry rasp leaf virus
- Genre Furovirus - exemple Soil-limite wheat mosaic virus
- Genre Hordeivirus - exemple Barley stripe mosaic virus
- Genre Idæovirus - exemple Raspberry bushy dwarf virus
- Genre Machlomovirus - exemple Maize chlorotic mottle virus
- Genre Ourmiavirus - exemple Ourmia melon virus
- Genre Pecluvirus - exemple Peanut clump virus
- Genre Pomovirus - exemple Potato mop-top virus
- Genre Sadwavirus - exemple Satsuma dwarf virus
- Genre Sobemovirus - exemple Southern bean mosaic virus
- Genre Tobamovirus - exemple virus de la mosaïque du tabac
- Genre Tobravirus - exemple Tobacco rattle virus
- Genre Umbravirus - exemple Carrot mottle virus
Groupe V - Virus à ARN simple brin à polarité négative
- Ordre Mononegavirales (virus à polarité négative non-segmentés)
- Famille des Bornaviridæ - Borna disease virus
- Famille des Filoviridæ - exemple virus Ebola, virus de la Fièvre hémorragique de Marbourg
- Famille des Paramyxoviridæ - exemples virus de la rougeole, virus des oreillons
- Famille des Rhabdoviridæ - exemples virus de la Rage
- Virus à polarité négative segmentés
- Famille des Arenaviridæ - exemples virus de la fièvre de Lassa, virus Junin (fièvres d'Amérique du Sud)
- Famille des Bunyaviridæ - exemple Bunyavirus Phlebovirus Hantavirus
- Famille des Orthomyxoviridæ - virus de l'influenza A, B, et C (virus de la grippe)
- Genres non classés
- Genre Deltavirus - exemple virus de l'Hépatite delta
- Genre Ophiovirus - exemple Citrus psorosis virus
- Genre Tenuivirus - exemple Rice stripe virus
- Genre Varicosaivirus - exemple Lettuce big-vein associated virus
Groupe VI - rétrovirus à ARN simple brin
- Famille Metaviridæ
- Famille Pseudoviridæ
- Famille Retroviridæ - exemples VIH 1, HTLV (lymphome)
Groupe VII - Pararétrovirus à ADN double brin
- Famille Hepadnaviridæ - exemple virus de l'Hépatite B
- Famille Caulimoviridæ - exemple virus de la mosaïque du choux-fleur
Classification par type de capside
Voir Capside
Voir aussi
Liens externes
- (en) Site de l'Mondial Committee on Taxonomy of Viruses (ICTV)
- (fr) Principes actuels de classification des virus
- (en) Index alphabétique officiel des virus, selon l'ICTV, Mondial Committee on Taxonomy of Viruses
- Base de données de Taxinomie : The NCBI Entrez Taxonomy Homepage
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