Virus à ARN / SsRNA-RT

Un virus à ARN est un virus qui utilise l'ARN comme matériel génétique, ou bien un virus dont la réplication du génome passe par un ARN intermédiaire.

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Virus

Un virus à ARN est un virus qui utilise l'ARN comme matériel génétique, ou bien un virus dont la réplication du génome passe par un ARN intermédiaire. [1]Les virus à ARN appartiennent aux groupes III, IV ou V de la classification de Baltimore. Leurs acides nucléiques forment le plus souvent une chaîne d'ARN à simple brin (en anglais : "single-stranded RNA" (ssRNA) ) mais ils peuvent être aussi former une double chaîne ("double-stranded RNA ou dsRNA") ) [2]. L'Mondial Committee on Taxonomy of Viruses (ICTV) classe dans les virus à ARN ceux qui appartiennent au Groupe III, Groupe IV ou groupe V de la classification de Baltimore, un dispositif de classification des virus déjà ancien, et ne considère pas les virus utilisant un ADN intermédiaire, comme des virus à ARN. [3] Les principaux virus pathogènes de ces groupes sont le virus du SRAS, le virus Influenza et le virus de l'hépatite C. Walter Fiers (de l'Université de Gand en Belgique) fut le premier à établir le séquençage nucléotidique complet d'un gène en 1972 puis du génome d'un virus à ARN : le Bactériophage MS2-RNA en 1976) [4].

Un autre terme permettant de désigner les virus à ARN et excluant explicitement les rétrovirus, est celui de ribovirus. [5]

L'intérêt de cette classification est le fait que la réplication de l'ARN est sensible aux erreurs : l'ensemble des virus à ARN ont des taux de mutation particulièrement élevés parce qu'il leur manque des polymérases de l'ADN qui pourraient trouver et corriger de telles erreurs. Les virus à ADN ont des taux de mutation énormément plus faible. Voir aussi les rétrovirus.

Caractéristiques

Virus à ARN simple brin

Les virus à ARN peuvent aussi être classés selon la polarité de leur ARN en virus à polarité négative ainsi qu'à polarité positive, ou à double polarité. La polarité positive de l'ARN viral est semblable à celle des ARM messagers (ARNm) viraux et il peut par conséquent être immédiatement par la cellule hôte. L'ARN viral «antisens» est complémentaire de l'ARNm et doit par conséquent être convertis en ARN «sens»par une ARN polymérase avant la traduction. Comme tel, l'ARN purifié d'un virus à polarité positive peut provoquer directement une infection quoiqu'il puisse être moins infectieux que le virus entier. L'ARN purifié «antisens» d'un virus n'est pas infectieux par lui-même car il doit en premier lieu être en ARN à polarité positive, mais chaque virion peut être transcrits en ARN de polarité positive ou négative. Les virus à ARN à double polarité ressemblent aux virus à ARN «antisens», au détail près qu'ils transcrivent aussi des gènes à partir du brin positif. [6]

Virus à ARN double brin

Article principal : Virus à ARN double brin.

Les virus à ARN double brin forment un groupe hétérogène de virus beaucoup répandus chez toute une gamme d'hôtes (humains, animaux, plantes, champignons et bactéries), le nombre de segments du génome (un à douze), et l'organisation du virion. Parmi les membres de ce groupe on compte les rotavirus, connus dans le monde entier comme étant la cause la plus fréquente de gastro-entérite chez les jeunes enfants, et le virus de la fièvre catarrhale du mouton [7] [8], un agent pathogène atteignant les bovins et les moutons avec d'importantes conséquences économiques. Ces dernières années, des progrès remarquables ont été accomplis dans la détermination, au niveau atomique et subnanométrique, de la structure d'un certain nombre de protéines virales clé constitutives de la capside du virion de plusieurs virus à ARN double brin, en soulignant des parallèles importants dans la structure et les processus de réplication de la plupart de ces virus. [2]

Taux de mutation

Les virus à ARN ont généralement un taux de mutation élevé, à défaut d'ADN polymérase qui pourrait repérer et corriger les erreurs, et sont par conséquent incapables de procéder à la réparation de l'ADN du matériel génétique endommagé. Les virus à ADN ont un taux de mutation beaucoup plus faible à cause de la capacité de correction des ADN polymérases sans l'intervention de la cellule hôte. [9] Les rétrovirus ont un fort taux de mutation, même si leur ADN intermédiaire s'intègre dans le génome de l'hôte (et est par conséquent soumis à relecture, une fois intégré à l'ADN de l'hôte), parce que les erreurs lors de la transcription inverse sont intégrés dans les deux brins de l'ADN préalablement à leur formation.

Bien que l'ARN mute généralement rapidement, un travail récent a révélé que le virus du SRAS et des virus à ARN apparentés contiennent un génome qui mute particulièrement lentement. [10] Le génome en question possède une structure complexe en trois dimensions qui est supposée apporter une fonction chimique indispensable à la propagation virale, peut-être comme un ribozyme. Ainsi, la majorité des mutations le rendraient impropre à cette fin et l'empêcherait de les propager.

Réplication

Les virus à ARN chez les animaux sont classés en trois groupes différents selon leur génome et de leur mode de réplication (de leur groupe dans l'ancienne classification de Baltimore)  :

Groupe III - Virus à ARN à double brin (dsRNA)

Source :[9]

Groupe IV - Virus à ARN simple brin à polarité positive (ssRNA)

Source :[9]

Groupe V – Virus à ARN simple brin à polarité négative (ssRNA)

Source :[9]

Voir aussi

Références

  1. ↑ MeSH, retrieved on 12 April 2008.
  2. (en) Patton JT (editor)., Segmented Double-stranded RNA Viruses : Structure and Molecular Biology, Caister Academic Press, 2008 
  3. ↑ Listing in Taxonomic Order - Index to ICTV Species Lists. Consulté le 2008-04-11
  4. ↑ Fiers W et al., Complete nucleotide-sequence of bacteriophage MS2-RNA - primary and secondary structure of replicase gene, Nature, 260, 500-507, 1976
  5. ↑ Drake JW, Holland JJ, «Mutation rates among RNA viruses», dans Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. , vol.  96, no 24, November 1999, p.  13910–3 [texte intégral lien PMID lien DOI] 
  6. ↑ Nguyen M, Hænni AL, «Expression strategies of ambisense viruses», dans Virus Res. , vol.  93, no 2, 2003, p.  141–50 [lien PMID lien DOI] 
  7. ↑ (en) Roy P, Animal Viruses : Molecular Biology, Caister Academic Press, 2008, «Molecular Dissection of Bluetongue Virus» 
  8. ↑ (en) Roy P, Segmented Double-stranded RNA Viruses : Structure and Molecular Biology, Caister Academic Press, 2008, «Structure and Function of Bluetongue Virus and its Proteins» 
  9. (en) Klein, Donald W. ; Prescott, Lansing M. ; Harley, John, Microbiology, Wm. C. Brown, Dubuque, Iowa, 1993 (ISBN 0-697-01372-3)  
  10. ↑ Robertson MP, Igel H, Bærtsch R, Haussler D, Ares M Jr, Scott WG, «The structure of a rigorously conserved RNA element within the SARS virus genome», dans PLoS Biol, vol.  3, no 1, 2005, p.  e5 [lien PMID lien DOI] 
  11. ↑ Mihindukulasuriya K. A., Nguyen N. L., Wu G., Huang H. V., Travassos da Rosa A. P., Popov V. L., Tesh R. B., Wang D. (2009) Nyamanini and Midway viruses define a novel taxon of RNA viruses in the order Mononegavirales. J. Virol.

Liens externes

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La version présentée ici à été extraite depuis cette source le 12/11/2009.
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